La diferencia en el color puede ser completa (heterocromía total) o parcial (heterocromía parcial).
La heterocromía se presenta con poca frecuencia y puede ser congénita (presente desde el nacimiento) o adquirida.
La forma congénita es la más rara, y está presente desde el nacimiento. Puede estar asociada con algunas enfermedades raras, como la neurofibromatosis, el Síndrome de Waardenburg o el Síndrome de Claude-Bernard-Horner.

La forma adquirida puede deberse a un traumatismo, al depósito de pigmentos u otras enfermedades. Se han descrito casos de cambio espontáneo.
Fuente: Wikipedia